Căn cứ pháp lý
Việc đăng ký mã số thuế, xuất hóa đơn và kê khai nghĩa vụ thuế đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh (hợp đồng BCC) hiện được điều chỉnh bởi nhiều văn bản pháp luật có liên quan. Trước hết, Điều 44 Luật Doanh nghiệp 2020 quy định về chi nhánh của doanh nghiệp, là cơ sở để xác định tư cách pháp lý của chi nhánh khi tham gia thực hiện hợp đồng hợp tác kinh doanh. Bên cạnh đó, Nghị định 320/2025/NĐ-CP đặt ra các quy định cụ thể về việc xác định thu nhập phát sinh từ hợp đồng hợp tác kinh doanh, cũng như các khoản chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Ngoài ra, Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định các nguyên tắc lập, quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ điện tử, là căn cứ để các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh thực hiện việc xuất hóa đơn đúng quy định. Trên nền tảng các văn bản nêu trên, Cục Thuế thành phố Hà Nội đã ban hành Công văn số 43669/HAN-QLDN4 ngày 24/8/2026 nhằm tháo gỡ những vướng mắc phát sinh trong thực tiễn áp dụng.
Minh họa: Hợp đồng & dân sự — Ảnh: Public domain
Bối cảnh ban hành và nội dung chính của công văn hướng dẫn
Công văn 43669/HAN-QLDN4 do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành ngày 24/8/2026 ra đời nhằm giải đáp những khó khăn mà doanh nghiệp gặp phải khi triển khai hợp đồng hợp tác kinh doanh, đặc biệt là trường hợp một trong các bên tham gia hợp đồng là chi nhánh của doanh nghiệp. Trên thực tế, không ít doanh nghiệp còn lúng túng trong việc xác định chi nhánh tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh có phải đăng ký mã số thuế riêng hay không, cũng như bên nào có trách nhiệm xuất hóa đơn, kê khai thuế đối với phần doanh thu, chi phí phát sinh từ hoạt động hợp tác.
Về việc đăng ký mã số thuế cho chi nhánh tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh, tại thời điểm ban hành công văn, Cục Thuế thành phố Hà Nội cho biết đang chờ ý kiến chỉ đạo từ Cục Thuế để có hướng dẫn thống nhất, cụ thể, áp dụng cho các trường hợp phát sinh trên địa bàn. Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp cần tiếp tục theo dõi các văn bản hướng dẫn bổ sung trước khi tiến hành thủ tục đăng ký mã số thuế cho chi nhánh liên quan.
Riêng đối với nghĩa vụ xuất hóa đơn và kê khai thuế, công văn nhấn mạnh các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh cần căn cứ quy định tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP để xác định đúng thu nhập phát sinh từ hợp đồng, đồng thời phân định rõ các khoản chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Việc xác định chính xác phần doanh thu, chi phí của từng bên trong hợp đồng có ý nghĩa quyết định đến số thuế TNDN phải nộp, tránh tình trạng kê khai trùng lặp hoặc bỏ sót nghĩa vụ thuế giữa các bên hợp tác.
Quy trình thực hiện đăng ký mã số thuế, xuất hóa đơn và kê khai thuế
Để tuân thủ đúng hướng dẫn tại Công văn 43669/HAN-QLDN4, các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh có thể thực hiện theo trình tự bốn bước sau.
Bước thứ nhất, cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ đăng ký cấp mã số thuế cho chi nhánh tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh, trên cơ sở hướng dẫn cụ thể sẽ được cơ quan thuế cấp trên ban hành trong thời gian tới. Doanh nghiệp nên chủ động liên hệ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để cập nhật hồ sơ, biểu mẫu cần thiết trước khi nộp, tránh phải bổ sung, điều chỉnh nhiều lần.
Bước thứ hai, khi phát sinh doanh thu từ hoạt động hợp tác kinh doanh, bên được các bên thống nhất cử làm đại diện cần thực hiện xuất hóa đơn điện tử theo đúng nguyên tắc lập, quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ điện tử được quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Bước thứ ba, các bên có trách nhiệm kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định pháp luật hiện hành, trong đó cần xác định rõ ràng, minh bạch doanh thu và các khoản chi phí hợp lý, hợp lệ liên quan trực tiếp đến hợp đồng hợp tác kinh doanh, làm cơ sở xác định thu nhập chịu thuế theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Bước thứ tư, toàn bộ hóa đơn, chứng từ phát sinh trong quá trình thực hiện hợp đồng cần được lưu trữ đầy đủ, có hệ thống, nhằm phục vụ công tác đối chiếu, kiểm tra hoặc thanh tra thuế khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.
Một số điểm doanh nghiệp cần lưu ý
Khi triển khai hợp đồng hợp tác kinh doanh, các bên nên thống nhất ngay từ đầu việc cử một bên làm đại diện chịu trách nhiệm xuất hóa đơn và kê khai thuế đối với toàn bộ hoạt động phát sinh từ hợp đồng. Việc phân định rõ vai trò đại diện không chỉ giúp quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế được thống nhất, thông suốt mà còn hạn chế rủi ro pháp lý phát sinh do chồng chéo trách nhiệm giữa các bên tham gia hợp tác.
Bên cạnh đó, các bên cần chuẩn bị và lưu giữ đầy đủ các tài liệu liên quan như hợp đồng hợp tác kinh doanh, hóa đơn, chứng từ thanh toán và các tài liệu chứng minh khác, nhằm bảo đảm tính hợp lệ của hồ sơ khi cơ quan thuế yêu cầu đối chiếu, đồng thời làm căn cứ xác định chính xác các khoản chi được trừ theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Ngoài ra, doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý theo dõi chặt chẽ thời hạn thực hiện các nghĩa vụ thuế liên quan đến hợp đồng hợp tác kinh doanh, bao gồm thời hạn xuất hóa đơn, thời hạn kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp, nhằm tránh phát sinh các khoản phạt do chậm nộp hoặc kê khai không đúng thời hạn theo quy định của pháp luật về thuế hiện hành.
Trong bối cảnh quy định về đăng ký mã số thuế cho chi nhánh tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh còn đang chờ hướng dẫn cụ thể từ cơ quan thuế cấp trên, doanh nghiệp nên chủ động cập nhật các văn bản hướng dẫn tiếp theo, đồng thời phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong suốt quá trình triển khai hợp đồng, nhằm bảo đảm việc thực hiện nghĩa vụ thuế được đầy đủ, đúng quy định và hạn chế tối đa rủi ro pháp lý có thể phát sinh.
Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.
