Cơ sở pháp lý và bối cảnh ban hành
Ngày 07/9/2026, cơ quan thuế tỉnh Vĩnh Long ban hành Công văn số 3042/VLO-QLDN1 nhằm giải đáp vướng mắc về nghĩa vụ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) phát sinh khi doanh nghiệp phải thu hồi lại khoản tiền lương đã chi trả vượt nguồn cho người lao động trong năm 2025. Văn bản hướng dẫn này được xây dựng dựa trên khung pháp lý hiện hành, gồm Luật Quản lý thuế 2025, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC, cụ thể là các quy định sau:
- Khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 — quy định về quyền khai bổ sung hồ sơ khai thuế của người nộp thuế.
- Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP — hướng dẫn việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với các khoản thu khác.
- Điểm 2 Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC — quy định cách thức thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
- Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC — quy định việc xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp thừa.
Những căn cứ nêu trên là nền tảng để cơ quan thuế xác định cách xử lý đối với trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, nộp thuế TNCN trên khoản tiền lương chi vượt nguồn, sau đó phải thu hồi lại từ người lao động.
Minh họa: Lao động & việc làm — Ảnh: U.S. Government Accountability Office fro · Public domain
Nội dung hướng dẫn về khai bổ sung và xử lý khoản thu hồi tiền lương
Theo hướng dẫn tại Công văn 3042/VLO-QLDN1, khi phát sinh khoản thu hồi tiền lương đã chi vượt nguồn của năm 2025, tổ chức trả thu nhập và người nộp thuế được quyền thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế nếu phát hiện hồ sơ đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, thiếu chính xác. Thời hạn để thực hiện quyền này là 05 năm, tính từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có liên quan; đây là mốc thời gian do Khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 ấn định và cũng là giới hạn tối đa mà người nộp thuế cần lưu ý để không mất quyền điều chỉnh.
Việc khai bổ sung không được thực hiện tùy tiện mà phải tuân thủ nguyên tắc xác định lại đầy đủ, chính xác số thuế phải nộp, đã nộp hoặc nộp thừa phát sinh từ khoản thu hồi tiền lương. Đồng thời, việc điều chỉnh này không được làm thay đổi hiệu lực của các kết luận, quyết định xử lý đã được cơ quan thuế ban hành qua công tác thanh tra, kiểm tra trước đó — nói cách khác, khai bổ sung chỉ áp dụng cho những nội dung chưa từng bị kết luận, xử lý chính thức.
Về cách thức thực hiện, Điểm 2 Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế phải lập hồ sơ khai bổ sung riêng cho từng hồ sơ khai thuế có sai sót, tương ứng với từng kỳ tính thuế bị ảnh hưởng bởi khoản thu hồi tiền lương. Đối với trường hợp cụ thể liên quan đến tiền lương chi vượt nguồn năm 2025, tổ chức trả thu nhập cần khai bổ sung đồng thời hồ sơ khai thuế của quý phát sinh sai sót tương ứng, bảo đảm số liệu được điều chỉnh khớp với thực tế phát sinh.
Trường hợp qua khai bổ sung phát sinh số tiền thuế TNCN đã nộp thừa, Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm thực hiện bù trừ số thuế nộp thừa đó với các khoản thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt còn phải nộp theo đúng quy định, thay vì để số tiền nộp thừa tồn đọng không được xử lý.
Trình tự, thủ tục thực hiện
Để triển khai đúng hướng dẫn tại Công văn 3042/VLO-QLDN1, người nộp thuế và tổ chức trả thu nhập có thể thực hiện theo trình tự sau:
- Rà soát, xác định hồ sơ khai thuế TNCN có liên quan đến khoản tiền lương chi vượt nguồn năm 2025 đã bị thu hồi, từ đó xác định rõ sai sót cần điều chỉnh và số liệu chính xác cần khai lại.
- Lập hồ sơ khai bổ sung theo đúng mẫu biểu và cách thức quy định tại Điểm 2 Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC, nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế ban đầu theo Khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025.
- Khai bổ sung đồng thời hồ sơ khai thuế của quý có sai sót tương ứng, bảo đảm tính nhất quán giữa các kỳ khai thuế bị ảnh hưởng, đúng tinh thần Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
- Trường hợp phát sinh số thuế nộp thừa, thực hiện bù trừ theo Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC với các khoản thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt còn nợ, hoặc theo hướng dẫn xử lý tiếp theo của cơ quan thuế quản lý.
- Lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ liên quan đến việc thu hồi tiền lương và quá trình khai bổ sung để phục vụ công tác đối chiếu, thanh tra, kiểm tra sau này nếu có.
Một số lưu ý khi áp dụng
Người nộp thuế cần đặc biệt lưu ý về mốc thời hạn 05 năm để khai bổ sung — đây là quy định bắt buộc, quá thời hạn này quyền điều chỉnh sẽ không còn được chấp nhận. Bên cạnh đó, việc khai bổ sung phải phản ánh đúng bản chất khoản thu hồi tiền lương chi vượt nguồn, tránh trường hợp kê khai không khớp với hồ sơ, chứng từ thực tế, dẫn đến rủi ro bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình hoặc xử lý vi phạm.
Một điểm cần chú ý khác là việc khai bổ sung không được áp dụng đối với các nội dung đã có kết luận, quyết định xử lý chính thức qua thanh tra, kiểm tra thuế trước đó. Do đó, trước khi lập hồ sơ khai bổ sung, tổ chức trả thu nhập nên rà soát kỹ lịch sử thanh tra, kiểm tra liên quan để tránh vướng mắc.
Cuối cùng, đối với số thuế nộp thừa phát sinh sau khai bổ sung, tổ chức trả thu nhập cần chủ động thực hiện bù trừ theo đúng quy định thay vì để tồn đọng, đồng thời chuẩn bị đầy đủ tài liệu, chứng từ chứng minh khoản thu hồi tiền lương để việc bù trừ, quyết toán thuế được thuận lợi, đúng quy định pháp luật hiện hành.
Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.
