Công văn 6646 hướng dẫn về tiền nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp hợp pháp với tổ chức kinh tế ra sao

Bối cảnh và căn cứ pháp lý áp dụng

Hướng dẫn nêu tại văn bản này được xây dựng dựa trên hệ thống quy định pháp luật hiện hành liên quan đến việc tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp và nghĩa vụ tài chính phát sinh khi chuyển mục đích sử dụng đất. Các căn cứ pháp lý được viện dẫn gồm:

• Khoản 1 và khoản 2 Điều 58 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật 2025, quy định nguyên tắc áp dụng văn bản quy phạm pháp luật theo thời gian và hiệu lực;
• Khoản 1 Điều 156 Luật Đất đai 2024, quy định về việc nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất khi chuyển mục đích sử dụng đất, gia hạn sử dụng đất hoặc điều chỉnh thời hạn sử dụng đất;
• Tiết b1 điểm b khoản 3 Điều 34 Nghị định 103/2024/NĐ-CP, quy định cách tính tiền thuê đất khi chuyển mục đích sử dụng đất, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/8/2024;
• Khoản 10 Điều 1 Nghị định 291/2025/NĐ-CP, sửa đổi, bổ sung tiết b1 điểm b khoản 3 Điều 34 Nghị định 103/2024/NĐ-CP nêu trên, có hiệu lực thi hành từ ngày 06/11/2025.

Việc phân định rõ thời điểm hiệu lực của từng văn bản có ý nghĩa quan trọng, vì cách xác định và xử lý khoản tiền tổ chức kinh tế đã chi trả để nhận chuyển nhượng đất nông nghiệp có sự thay đổi rõ rệt giữa hai giai đoạn áp dụng nêu trên.

Minh họa: Đất đai & nhà ở — Ảnh: Franz Meerts · Public domain

Nội dung hướng dẫn tại Công văn 6646/CT-QLNT

Ngày 09/9/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 6646/CT-QLNT, hướng dẫn cách xử lý khoản tiền mà tổ chức kinh tế đã bỏ ra để nhận chuyển nhượng hợp pháp quyền sử dụng đất nông nghiệp từ hộ gia đình, cá nhân.

Theo nội dung hướng dẫn, khi một tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp hợp pháp từ hộ gia đình, cá nhân để triển khai dự án đầu tư, tổ chức đó vẫn phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất theo đúng quy định pháp luật đất đai hiện hành. Vấn đề trọng tâm mà công văn giải đáp là: khoản tiền tổ chức kinh tế đã trả cho hộ gia đình, cá nhân khi nhận chuyển nhượng đất nông nghiệp sẽ được ghi nhận, tính toán và xử lý ra sao vào thời điểm tổ chức thực hiện thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất sang loại đất phục vụ dự án.

Cách xác định và xử lý khoản tiền đã trả khi chuyển mục đích sử dụng đất

Công văn 6646/CT-QLNT phân định cách xử lý theo hai mốc thời gian, tương ứng với hiệu lực của Nghị định 103/2024/NĐ-CP và Nghị định 291/2025/NĐ-CP:

• Kể từ ngày 01/8/2024, giá trị khoản tiền đất được xác định trước khi chuyển mục đích sử dụng đất bằng giá trị quyền sử dụng đất của loại đất nông nghiệp tương ứng, tính tại thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất. Đây là căn cứ để ghi nhận phần giá trị đất nông nghiệp trước khi đất được chuyển sang mục đích sử dụng mới.

• Kể từ ngày 06/11/2025, theo quy định sửa đổi tại khoản 10 Điều 1 Nghị định 291/2025/NĐ-CP, khoản tiền nêu trên được xử lý theo hai hướng, tùy thuộc hình thức thuê đất áp dụng sau khi chuyển mục đích: nếu loại đất sau chuyển mục đích thuộc diện thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê, khoản tiền này được trừ trực tiếp vào số tiền thuê đất phải nộp; còn nếu thuộc diện thuê đất trả tiền hằng năm, khoản tiền được quy đổi tương ứng ra khoảng thời gian đã hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất.

Như vậy, đối với các trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất phát sinh trong khoảng thời gian từ ngày 01/8/2024 đến trước ngày 06/11/2025, tổ chức kinh tế áp dụng cách xác định giá trị theo Nghị định 103/2024/NĐ-CP; còn từ ngày 06/11/2025 trở đi, áp dụng cách xử lý theo quy định sửa đổi tại Nghị định 291/2025/NĐ-CP.

Trình tự tổ chức kinh tế cần thực hiện

Để bảo đảm quyền lợi và tuân thủ đúng quy định khi nhận chuyển nhượng đất nông nghiệp rồi chuyển mục đích sử dụng đất, tổ chức kinh tế cần lần lượt thực hiện các bước sau:

1. Hoàn tất hồ sơ nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp hợp pháp từ hộ gia đình, cá nhân, bảo đảm tính hợp lệ về mặt pháp lý của giao dịch chuyển nhượng.
2. Thực hiện nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất theo đúng quy định pháp luật hiện hành ngay khi nghĩa vụ này phát sinh.
3. Xác định giá trị quyền sử dụng đất tại thời điểm cơ quan có thẩm quyền ban hành quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất, làm cơ sở tính khoản tiền đất trước khi chuyển mục đích.
4. Tiến hành thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất theo trình tự do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.
5. Thực hiện nghĩa vụ tiền thuê đất sau khi chuyển mục đích, đối chiếu quy định tại Điều 121 Luật Đất đai, đồng thời áp dụng cách xử lý khoản tiền đã trả trước đó theo đúng mốc thời gian phát sinh giao dịch, tức trước hoặc sau ngày 06/11/2025.

Một số điểm tổ chức kinh tế cần lưu ý

Việc xác định khoản tiền đất trước khi chuyển mục đích sử dụng đất cần bám sát các quy định tại Luật Đất đai 2024, Nghị định 103/2024/NĐ-CP và Nghị định 291/2025/NĐ-CP, tương ứng với từng mốc hiệu lực cụ thể, tránh áp dụng nhầm quy định cũ cho giao dịch phát sinh sau thời điểm văn bản sửa đổi có hiệu lực.

Tổ chức kinh tế cũng cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh việc nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp hợp pháp, cùng các tài liệu liên quan đến quá trình chuyển mục đích sử dụng đất, nhằm hạn chế rủi ro phát sinh khi thực hiện nghĩa vụ tài chính với cơ quan thuế và cơ quan quản lý đất đai.

Bên cạnh đó, thời hạn thực hiện nghĩa vụ tài chính cũng như thời hạn hoàn tất thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất cần được theo dõi sát sao, bảo đảm tuân thủ đúng quy định pháp luật, tránh phát sinh chậm trễ hoặc sai sót có thể ảnh hưởng đến quyền lợi của tổ chức kinh tế trong quá trình triển khai dự án đầu tư.

Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.