Điểm mới quy định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế tại Thông tư 89/2026/TT-BTC

Căn cứ pháp lý

Thông tư 89/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 10/8/2026 đã cụ thể hóa các nguyên tắc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, trên cơ sở bám sát quy định tại Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ dành cho cơ quan thuế các cấp khi tổ chức kiểm tra, đồng thời là căn cứ để người nộp thuế nắm được quyền và nghĩa vụ của mình trong quá trình kiểm tra.

Minh họa: Doanh nghiệp & hộ kinh doanh — Ảnh: Press Information Department · Public domain

Nguyên tắc kiểm tra được bổ sung

So với trước đây, Thông tư 89/2026/TT-BTC nhấn mạnh việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải được tiến hành thống nhất với nguyên tắc đã nêu tại Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Việc cụ thể hóa nguyên tắc này giúp tránh tình trạng áp dụng thiếu nhất quán giữa các cục thuế, chi cục thuế trên cả nước, đồng thời làm rõ ranh giới thẩm quyền khi tổ chức một cuộc kiểm tra.

Các trường hợp chuyển địa điểm kiểm tra về trụ sở cơ quan thuế

Điểm đáng chú ý của thông tư là việc liệt kê rõ những tình huống mà việc kiểm tra không diễn ra tại trụ sở người nộp thuế như thông thường, mà được thực hiện ngay tại trụ sở cơ quan thuế, gồm:

• Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình, dự án sử dụng vốn ODA viện trợ không hoàn lại, do tổ chức được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ ngoại giao thực hiện;
• Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn viện trợ không hoàn lại nhưng không thuộc diện hỗ trợ phát triển chính thức;
• Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam của các đối tượng thuộc diện được hưởng ưu đãi, miễn trừ ngoại giao;
• Các trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế, kiểm tra sau hoàn thuế, hoặc kiểm tra để xét miễn, giảm thuế mà bản thân người nộp thuế không có trụ sở cố định, hoặc vì lý do khách quan không thể tổ chức kiểm tra ngay tại trụ sở của họ.

Quy định này giúp cơ quan thuế chủ động hơn trong việc bố trí kiểm tra đối với các hồ sơ hoàn thuế có tính đặc thù, đặc biệt là các trường hợp liên quan đến yếu tố ngoại giao, viện trợ quốc tế.

Tránh chồng chéo trong thanh tra, kiểm tra

Thông tư bổ sung quy định cụ thể về các tình huống phải bãi bỏ quyết định kiểm tra đã ban hành, nhằm ngăn ngừa việc một người nộp thuế bị kiểm tra trùng nội dung, trùng thời kỳ bởi nhiều đoàn kiểm tra, thanh tra khác nhau. Đây là bước hoàn thiện nhằm giảm gánh nặng tuân thủ cho doanh nghiệp, hộ kinh doanh, đồng thời nâng cao hiệu quả sử dụng nguồn lực của cơ quan thuế.

Biên bản kiểm tra khi người nộp thuế không ký

Một điểm mới quan trọng khác là quy định xử lý tình huống người nộp thuế từ chối ký biên bản kiểm tra. Theo đó, biên bản vẫn có giá trị pháp lý nếu có đầy đủ chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, kèm theo chữ ký của đại diện chính quyền cấp xã nơi lập biên bản, hoặc ít nhất một người chứng kiến việc lập biên bản. Quy định này góp phần bảo đảm tính khách quan, minh bạch của biên bản kiểm tra ngay cả khi không có sự hợp tác từ phía người nộp thuế.

Quy định về kiểm tra lại

Thông tư 89/2026/TT-BTC dành một phần riêng để hướng dẫn hoạt động kiểm tra lại, với các nội dung chính:

• Các căn cứ để tiến hành kiểm tra lại được áp dụng thống nhất theo quy định tại Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025;
• Cục Thuế và các Chi cục Thuế trực thuộc đều có thẩm quyền tổ chức kiểm tra lại đối với vụ việc thuộc phạm vi quản lý;
• Thời hạn để thực hiện việc kiểm tra lại là 02 năm, tính từ ngày ký kết luận của lần kiểm tra trước đó;
• Nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể của từng thành viên trong đoàn kiểm tra được xác định theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2025.

Việc quy định rõ thời hạn 02 năm và thẩm quyền của từng cấp cơ quan thuế giúp hạn chế tình trạng kiểm tra lại kéo dài không có điểm dừng, đồng thời tạo cơ sở để người nộp thuế chủ động lưu trữ hồ sơ, chứng từ trong thời hạn tương ứng.

Trình tự thực hiện một cuộc kiểm tra thuế tại trụ sở

Quá trình kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, theo tinh thần của thông tư, thường trải qua các bước sau:

1. Người nộp thuế chủ động chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ liên quan đến việc kê khai và nộp thuế của kỳ được kiểm tra.
2. Cơ quan thuế gửi thông báo chính thức về việc tổ chức kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
3. Đoàn kiểm tra tiến hành kiểm tra thực tế, bảo đảm tuân thủ các nguyên tắc, thẩm quyền và trình tự đã được quy định.
4. Biên bản kiểm tra được lập và các bên liên quan ký xác nhận; trường hợp người nộp thuế không ký, biên bản vẫn được hoàn tất theo quy định về chữ ký thay thế nêu trên.
5. Nếu phát sinh căn cứ theo quy định, cơ quan thuế có thẩm quyền tổ chức kiểm tra lại trong thời hạn luật định.

Một số lưu ý dành cho người nộp thuế

Với việc quy định chi tiết hơn về địa điểm kiểm tra, cách xử lý biên bản khi không có chữ ký của người nộp thuế, cũng như thời hạn và thẩm quyền kiểm tra lại, Thông tư 89/2026/TT-BTC giúp cả cơ quan thuế lẫn người nộp thuế có cơ sở thống nhất hơn khi tổ chức và tham gia các cuộc kiểm tra. Người nộp thuế, đặc biệt là doanh nghiệp và hộ kinh doanh có phát sinh hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc các trường hợp đặc thù nêu trên, nên chủ động rà soát hồ sơ, lưu trữ chứng từ đầy đủ để phối hợp thuận lợi khi cơ quan thuế tổ chức kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thay vì tại trụ sở của mình.

Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.