Căn cứ pháp lý và phạm vi điều chỉnh
Thông tư 89/2026/TT-BTC được ban hành ngày 10/8/2026, trên cơ sở nội dung nêu tại Công văn 5746/CT-CS của Cục Thuế. Văn bản này sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 49 và Điều 50, tập trung vào quy trình tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế và việc ban hành quyết định hoàn thuế đối với người nộp thuế.
So với quy định trước đây, Thông tư 89/2026/TT-BTC điều chỉnh theo hai nhóm hồ sơ hoàn thuế phổ biến: nhóm hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và nhóm hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Đồng thời, văn bản bổ sung quy định mới về việc bù trừ số thuế được hoàn với nghĩa vụ thuế phát sinh ở kỳ tính thuế kế tiếp, cũng như làm rõ thêm cơ chế hoàn thuế tự động.
Minh họa: Doanh nghiệp & hộ kinh doanh — Ảnh: edwinchuen · CC BY 2.0
Sửa đổi quy định đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước
Đối với nhóm hồ sơ được áp dụng cơ chế hoàn thuế trước, kiểm tra sau, Thông tư 89/2026/TT-BTC sửa đổi cách xử lý trong trường hợp cơ quan thuế đã có Thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung tài liệu, nhưng hết thời hạn quy định mà người nộp thuế không thực hiện, hoặc không đưa ra được căn cứ chứng minh số thuế đã kê khai là chính xác. Trong tình huống này, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo về số tiền đề nghị hoàn thuế không đủ điều kiện được hoàn, thay vì tiếp tục xử lý hồ sơ theo hướng chờ đợi như trước.
Bên cạnh đó, Thông tư bổ sung thêm quy định về trình tự thực hiện áp dụng cho trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế phát hiện hồ sơ có dấu hiệu rủi ro cao trong công tác quản lý thuế. Đây là điểm mới nhằm siết chặt việc kiểm soát rủi ro ngay từ khâu tiếp nhận hồ sơ, thay vì chỉ dựa vào kết quả kiểm tra sau hoàn thuế như quy định cũ.
Sửa đổi quy định đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế
Với nhóm hồ sơ phải kiểm tra trước khi được hoàn thuế, Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định rõ hơn việc cơ quan thuế phải căn cứ vào kết quả kiểm tra thực tế để quyết định ban hành Quyết định hoàn thuế, hoặc Thông báo về số tiền đề nghị hoàn thuế không được chấp nhận. Việc quy định cụ thể căn cứ ra quyết định giúp hạn chế tình trạng chậm trễ hoặc thiếu thống nhất trong xử lý hồ sơ giữa các cơ quan thuế địa phương.
Cùng với sửa đổi nêu trên, Thông tư 89/2026/TT-BTC bãi bỏ nội dung quy định tại điểm d và điểm đ khoản 1 Điều 34 Thông tư 80/2021/TT-BTC. Việc loại bỏ hai điểm này đồng nghĩa với việc một số căn cứ, thủ tục trước đây áp dụng cho hồ sơ diện kiểm tra trước hoàn thuế sẽ không còn được viện dẫn, và cơ quan thuế phải thực hiện theo quy định mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Quy định mới về bù trừ số thuế được hoàn
Một điểm đáng chú ý khác là Thông tư 89/2026/TT-BTC bổ sung quy định cho phép bù trừ giữa số thuế mà người nộp thuế được hoàn với số thuế phát sinh phải nộp ở kỳ tính thuế tiếp theo. Theo đó, khi người nộp thuế có văn bản đề nghị bù trừ, cơ quan thuế sẽ căn cứ vào nội dung đề nghị này để thực hiện việc bù trừ, thay vì bắt buộc phải hoàn trả toàn bộ số tiền rồi để người nộp thuế tự nộp lại nghĩa vụ thuế phát sinh sau đó. Quy định này giúp đơn giản hóa dòng tiền giữa người nộp thuế và ngân sách nhà nước, đồng thời giảm bớt thủ tục hành chính không cần thiết.
Điểm mới trong việc ban hành quyết định hoàn thuế
Tại Điều 50, Thông tư 89/2026/TT-BTC bổ sung quy định về hoàn thuế tự động, được thực hiện trên cơ sở dẫn chiếu Điều 18 Luật Quản lý thuế 2025. Cơ chế hoàn thuế tự động là bước tiến quan trọng nhằm rút ngắn thời gian giải quyết hồ sơ, giảm sự can thiệp thủ công của cán bộ thuế đối với những hồ sơ đã đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định.
Song song đó, Thông tư 89/2026/TT-BTC bãi bỏ quy định về việc ban hành Quyết định thanh toán cho ngân hàng đóng vai trò đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng, vốn trước đây được quy định tại Điều 21 Thông tư 72/2014/TT-BTC. Việc bỏ quy định này cho thấy sự thay đổi trong cơ chế phối hợp giữa cơ quan thuế và các tổ chức trung gian trong quá trình hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trình tự giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định mới
Căn cứ các nội dung sửa đổi, bổ sung nêu trên, quy trình giải quyết một hồ sơ hoàn thuế có thể được khái quát qua các bước cơ bản sau:
- Người nộp thuế chuẩn bị và nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo đúng quy định pháp luật hiện hành.
- Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ, tiến hành phân loại để xác định hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước hay diện phải kiểm tra trước khi hoàn thuế.
- Trường hợp hồ sơ đáp ứng đầy đủ điều kiện, cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế; trường hợp không đáp ứng điều kiện, cơ quan thuế ban hành Thông báo về số tiền đề nghị hoàn thuế không được chấp nhận.
- Nếu trong quá trình xử lý, Hệ thống thông tin quản lý thuế phát hiện hồ sơ có rủi ro cao, hồ sơ sẽ được chuyển sang quy trình kiểm tra trước khi hoàn thuế theo quy định mới.
- Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị bù trừ số thuế được hoàn với nghĩa vụ thuế phát sinh ở kỳ sau, cơ quan thuế thực hiện việc bù trừ theo đề nghị đó thay vì hoàn trả trực tiếp.
Một số lưu ý dành cho doanh nghiệp và hộ kinh doanh
Với những thay đổi nêu trên, doanh nghiệp và hộ kinh doanh khi thực hiện thủ tục hoàn thuế cần chủ động chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh tính chính xác của số thuế đã kê khai, đặc biệt trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu giải trình bổ sung. Việc không giải trình đúng thời hạn, hoặc không cung cấp được căn cứ hợp lý, có thể dẫn đến hệ quả là hồ sơ bị từ chối hoàn thuế theo quy định mới.
Đồng thời, đối với các trường hợp có nhu cầu bù trừ số thuế được hoàn với nghĩa vụ thuế phát sinh ở kỳ sau, người nộp thuế cần lập văn bản đề nghị rõ ràng, gửi đúng thẩm quyền để cơ quan thuế có căn cứ xử lý theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Việc theo dõi sát các mốc thời hạn xử lý hồ sơ theo Điều 49 và Điều 50 của Thông tư này cũng là yếu tố quan trọng, giúp người nộp thuế bảo vệ quyền lợi hoàn thuế của mình và hạn chế rủi ro phát sinh trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.
Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.
