Căn cứ pháp lý và bối cảnh ban hành hướng dẫn
Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã ban hành Công văn số 4017/PTH-QLDN2 ngày 18/8/2026, hướng dẫn cụ thể việc áp dụng chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực công nghệ thông tin trên địa bàn tỉnh. Văn bản hướng dẫn này được xây dựng trên hai nền tảng pháp lý chính là Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 và Luật Công nghệ cao năm 2025 - hai đạo luật quy định khung ưu đãi cho hoạt động đầu tư, sản xuất và kinh doanh sản phẩm, dịch vụ công nghệ cao, công nghệ thông tin tại Việt Nam.
Mục đích của công văn là giúp các tổ chức, doanh nghiệp đang hoạt động trên địa bàn tỉnh Phú Thọ nắm rõ điều kiện, mức ưu đãi và trình tự thủ tục cần thực hiện để được thụ hưởng chính sách thuế dành riêng cho lĩnh vực công nghệ thông tin - lĩnh vực đã được xác định là hướng phát triển trọng tâm cần khuyến khích. Việc nắm vững nội dung hướng dẫn này giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, tránh bỏ lỡ quyền lợi hoặc áp dụng sai quy định dẫn đến rủi ro bị truy thu sau này.
Minh họa: Doanh nghiệp & hộ kinh doanh — Ảnh: Jaggery · CC BY-SA 2.0
Ngành nghề, lĩnh vực được xem xét ưu đãi thuế
Theo Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, không phải mọi doanh nghiệp gắn mác "công nghệ thông tin" đều đương nhiên thuộc diện ưu đãi, mà chỉ những doanh nghiệp có hoạt động thực tế rơi vào các nhóm ngành nghề ưu đãi mới được xem xét áp dụng. Ba nhóm hoạt động chính được quy định gồm:
- Hoạt động ứng dụng công nghệ cao và đầu tư mạo hiểm phục vụ cho việc phát triển công nghệ cao;
- Hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm, sản phẩm bảo đảm an toàn thông tin mạng, cùng với việc cung cấp các dịch vụ công nghệ số thuộc nhóm trọng điểm;
- Doanh nghiệp được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, và doanh nghiệp nông nghiệp có ứng dụng công nghệ cao vào hoạt động sản xuất.
Việc xác định một doanh nghiệp có thuộc diện được hưởng ưu đãi hay không phải căn cứ vào bản chất hoạt động thực tế, ngành nghề đăng ký kinh doanh và các tài liệu chứng minh cụ thể đi kèm, chứ không thể chỉ dựa vào tên gọi doanh nghiệp hay việc doanh nghiệp tự nhận mình hoạt động trong lĩnh vực công nghệ thông tin nói chung.
Mức thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế TNDN
Điều 13 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định: doanh nghiệp có dự án đầu tư mới thuộc các ngành nghề ưu đãi nêu trên được áp dụng mức thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm, tính trên phần thu nhập phát sinh từ chính dự án đầu tư đó. Đây là mức thuế suất thấp hơn đáng kể so với mức thuế suất phổ thông hiện hành, thể hiện chính sách khuyến khích doanh nghiệp mở rộng đầu tư vào lĩnh vực công nghệ cao, công nghệ thông tin.
Song song với mức thuế suất ưu đãi, Điều 14 còn quy định thêm cơ chế miễn, giảm thuế theo thời gian: doanh nghiệp được miễn thuế TNDN tối đa 04 năm; sau giai đoạn miễn thuế, doanh nghiệp tiếp tục được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong tối đa 09 năm kế tiếp. Như vậy, tính gộp cả giai đoạn miễn và giảm, doanh nghiệp có thể được hỗ trợ trực tiếp về nghĩa vụ thuế trong khoảng thời gian lên đến 13 năm, nằm trong tổng thời hạn 15 năm áp dụng mức thuế suất ưu đãi 10%.
Cơ chế này được thiết kế theo nguyên tắc hỗ trợ mạnh nhất ở giai đoạn đầu triển khai dự án - thời điểm doanh nghiệp thường phải bỏ vốn lớn nhưng chưa có nguồn thu ổn định - và giảm dần mức hỗ trợ khi dự án đã đi vào hoạt động, có lợi nhuận đều đặn hơn.
Trình tự, thủ tục đề nghị áp dụng ưu đãi thuế
Để được hưởng các mức ưu đãi nêu trên, doanh nghiệp cần thực hiện tuần tự các bước theo hướng dẫn tại Công văn 4017/PTH-QLDN2:
- Chuẩn bị hồ sơ chứng minh: doanh nghiệp tập hợp các tài liệu thể hiện hoạt động kinh doanh thuộc diện ưu đãi, có thể bao gồm hợp đồng cung cấp dịch vụ phần mềm, hợp đồng triển khai các giải pháp trí tuệ nhân tạo (AI), cùng các tài liệu kỹ thuật khác chứng minh bản chất công nghệ cao của dự án, sản phẩm hoặc dịch vụ đang cung cấp.
- Nộp hồ sơ đề nghị: doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị áp dụng ưu đãi thuế TNDN đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trên địa bàn tỉnh Phú Thọ.
- Thẩm định và cấp giấy chứng nhận: cơ quan thuế xem xét, đối chiếu hồ sơ với các điều kiện luật định; nếu doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ điều kiện, cơ quan thuế sẽ cấp Giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao, làm căn cứ chính thức để áp dụng ưu đãi.
- Thực hiện nghĩa vụ thuế theo ưu đãi đã xác nhận: sau khi có giấy chứng nhận, doanh nghiệp kê khai, nộp thuế TNDN theo đúng mức ưu đãi được công nhận, đồng thời tuân thủ đầy đủ các quy định về báo cáo, quyết toán thuế theo pháp luật hiện hành.
Một số lưu ý khi xác định thời điểm và điều kiện hưởng ưu đãi
Một điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là cách xác định thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn, giảm thuế. Về nguyên tắc, thời gian miễn thuế và giảm thuế được tính liên tục kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp phát sinh thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư thuộc diện ưu đãi. Trường hợp trong 03 năm đầu triển khai mà doanh nghiệp chưa phát sinh thu nhập chịu thuế, thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn, giảm thuế sẽ được lùi lại và tính từ năm thứ 04.
Bên cạnh đó, để tránh bị từ chối áp dụng ưu đãi hoặc bị truy thu thuế về sau, doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ, có hệ thống các tài liệu, hồ sơ chứng minh việc đáp ứng điều kiện về ngành nghề ưu đãi, về tính chất dự án đầu tư mới, cũng như các căn cứ đã được cơ quan thuế sử dụng để cấp Giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao. Trong quá trình hoạt động, nếu có thay đổi về ngành nghề kinh doanh, quy mô dự án hoặc phát sinh các giao dịch có khả năng ảnh hưởng đến điều kiện hưởng ưu đãi, doanh nghiệp nên chủ động rà soát, đối chiếu lại với quy định tại Điều 12, Điều 13 và Điều 14 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, cũng như nội dung hướng dẫn tại Công văn 4017/PTH-QLDN2 ngày 18/8/2026 của Thuế tỉnh Phú Thọ, nhằm bảo đảm việc áp dụng ưu đãi thuế được thực hiện đúng và đủ, hạn chế tối đa rủi ro pháp lý phát sinh sau này.
Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.
