Căn cứ pháp lý áp dụng
Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025, tại khoản 5 Điều 15, xác lập nguyên tắc chung: tổ chức khoa học và công nghệ công lập cùng cơ sở giáo dục đại học công lập, nếu hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, thuộc diện được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo hướng dẫn do Chính phủ ban hành.
Cụ thể hóa nguyên tắc trên, khoản 5 Điều 21 Nghị định 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ tách riêng cách miễn thuế cho từng nhóm chủ thể. Điểm b của khoản này nêu: cơ sở giáo dục đại học công lập, tổ chức và hoạt động theo Luật Giáo dục đại học, nếu vận hành không vì mục tiêu lợi nhuận, được miễn thuế TNDN đối với các khoản thu quy định tại Điều 64 Luật Giáo dục đại học năm 2012 — nội dung đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 32 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục đại học năm 2018.
Nói cách khác, quy định thuế xác định khoản thu nào được miễn, còn việc một cơ sở có thực sự "không vì mục tiêu lợi nhuận" hay không thuộc phạm vi pháp luật chuyên ngành giáo dục.
Bên cạnh đó, khoản 1 Điều 5 Luật Viên chức 2025 nêu định nghĩa nền tảng về đơn vị sự nghiệp công lập: tổ chức do cơ quan có thẩm quyền thành lập theo pháp luật, có tư cách pháp nhân, hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, cung cấp dịch vụ công phục vụ xã hội và hỗ trợ quản lý nhà nước. Đây là cơ sở tham chiếu khi xác định tính chất "công lập, không vì lợi nhuận" của các tổ chức nêu trên.
Minh họa: Doanh nghiệp & hộ kinh doanh — Ảnh: Betty Longbottom · CC BY-SA 2.0
Xác định tổ chức khoa học và công nghệ công lập
Để áp dụng đúng chính sách miễn thuế, trước tiên cần nhận diện chính xác thế nào là tổ chức khoa học và công nghệ công lập. Điều 45 Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo 2025 quy định về nhóm chủ thể này như sau:
- Đây là loại hình tổ chức hoạt động trong lĩnh vực khoa học, công nghệ, do cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội đứng ra thành lập và trực tiếp quản lý.
- Nhà nước chịu trách nhiệm bố trí cơ sở vật chất, cấp kinh phí hoạt động cho các tổ chức này, đồng thời giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc tổ chức bộ máy, quản lý nhân sự, tài chính cũng như hoạt động hợp tác quốc tế, liên doanh, liên kết.
- Ngoại trừ trường hợp là cơ sở giáo dục đại học, các tổ chức khoa học và công nghệ công lập khác được phép sử dụng chung đội ngũ nhân sự cơ hữu với cơ sở giáo dục đại học.
- Nhóm tổ chức này có quyền đứng ra thành lập, cùng tham gia thành lập hoặc góp vốn vào doanh nghiệp nhằm đưa kết quả nghiên cứu, công nghệ và các sáng kiến đổi mới vào thương mại hóa; viên chức có thể được cử tham gia điều hành hoặc làm việc định kỳ tại doanh nghiệp đó.
- Viên chức cũng có thể được biệt phái sang doanh nghiệp hoặc tổ chức khoa học, công nghệ khác trong một khoảng thời gian nhất định để trao đổi chuyên môn, nâng cao năng lực, cập nhật nhu cầu công nghệ thực tiễn; trong suốt thời gian biệt phái, quyền lợi về lương, quy hoạch, bổ nhiệm, thi đua, khen thưởng và chính sách khác vẫn được bảo lưu nguyên trạng.
- Nội dung chi tiết thi hành điều luật này do Chính phủ quy định.
Nghị định 262/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Khoa học, Công nghệ và đổi mới sáng tạo về thông tin, thống kê, đánh giá và chuyển đổi số cũng góp phần hoàn thiện khung pháp lý để nhận diện, quản lý nhóm tổ chức công lập nêu trên.
Phạm vi khoản thu được miễn thuế đối với cơ sở giáo dục đại học công lập
Đối với cơ sở giáo dục đại học công lập hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, phạm vi miễn thuế TNDN không áp dụng cho mọi nguồn thu, mà giới hạn ở các khoản thu quy định tại Điều 64 Luật Giáo dục đại học năm 2012 (đã sửa đổi, bổ sung tại khoản 32 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục đại học năm 2018). Cách dẫn chiếu này cho thấy chính sách thuế bám sát cơ cấu nguồn thu đặc thù của khối giáo dục đại học công lập, thay vì áp một công thức chung cho toàn bộ khoản thu.
Do phạm vi miễn thuế gắn với nội dung Điều 64 nêu trên, cơ sở giáo dục đại học khi xác định khoản thu thuộc diện miễn thuế cần đối chiếu trực tiếp với điều luật này (và nội dung sửa đổi năm 2018) để tránh áp dụng sai phạm vi, dẫn đến kê khai thiếu chính xác nghĩa vụ thuế.
Điều kiện và trình tự thực hiện miễn thuế
Về mặt thực hiện, tổ chức muốn hưởng chính sách miễn thuế TNDN nêu trên thường cần trải qua các bước cơ bản sau:
- Xác định rõ mình thuộc nhóm tổ chức khoa học và công nghệ công lập theo Điều 45 Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo 2025, hoặc cơ sở giáo dục đại học công lập theo Luật Giáo dục đại học, đồng thời chứng minh yếu tố "không vì mục tiêu lợi nhuận" theo tinh thần khoản 1 Điều 5 Luật Viên chức 2025.
- Chuẩn bị hồ sơ chứng minh tính chất không vì mục tiêu lợi nhuận, gồm văn bản về cơ chế tài chính, cơ chế phân phối (nếu có) và mục đích sử dụng nguồn thu.
- Xác định khoản thu thuộc phạm vi miễn thuế theo điểm b khoản 5 Điều 21 Nghị định 320/2025/NĐ-CP (đối chiếu Điều 64 Luật Giáo dục đại học nếu là cơ sở giáo dục đại học), từ đó kê khai thuế TNDN phù hợp.
- Nộp hồ sơ, kê khai đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được xem xét, xác nhận diện miễn thuế.
- Theo dõi phản hồi của cơ quan thuế, bổ sung hồ sơ hoặc giải trình nếu có yêu cầu, để việc áp dụng miễn thuế đúng quy định, không phát sinh rủi ro bị truy thu.
Một số điểm cần lưu ý khi áp dụng
Chính sách miễn thuế TNDN cho tổ chức khoa học và công nghệ công lập, cơ sở giáo dục đại học công lập không vì mục tiêu lợi nhuận được xây dựng từ sự phối hợp của nhiều văn bản: Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định nghĩa vụ và phạm vi miễn thuế; Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo 2025 cùng Nghị định 262/2025/NĐ-CP xác định thế nào là tổ chức khoa học và công nghệ công lập; Luật Giáo dục đại học năm 2012 (sửa đổi, bổ sung năm 2018) xác định phạm vi khoản thu được miễn; Luật Viên chức 2025 làm rõ khái niệm đơn vị sự nghiệp công lập, hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận.
Do tính liên ngành này, tổ chức thuộc diện áp dụng cần đọc đồng thời các văn bản nêu trên, tránh chỉ căn cứ riêng lẻ vào quy định thuế, để không xác định sai đối tượng, sai phạm vi khoản thu được miễn, hoặc bỏ sót điều kiện "không vì mục tiêu lợi nhuận". Do quy định pháp luật có thể được sửa đổi theo thời gian, tổ chức nên cập nhật văn bản hướng dẫn mới nhất của cơ quan thuế và cơ quan quản lý chuyên ngành, đồng thời chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ cần thiết để hạn chế rủi ro trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.
Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn cụ thể cho từng trường hợp, vui lòng liên hệ với Luật An Dân Việt hoặc cơ quan có thẩm quyền.
